La encina monumental ubicada junto al arroyo Granadilla, en la aldea de los Llanos de Don Juan, en Rute, carece de protección. El deterioro que sufre este ejemplar de quercus ilex -conocido por los vecinos como la encina milenaria-, con fracturas que alcanzan hasta los tres metros de longitud, ha encendido ahora toda las alarmas, de forma que el Ayuntamiento de Rute y la Diputación acaban de reclamar a la Consejería de Medio Ambiente su declaración como Monumento Natural. En la provincia de Córdoba, sólo hay tres sitios con esta denominación: los Sotos de la Albolafia, en Córdoba capital; el meandro del Guadalquivir en Montoro y la cueva de los Murciélagos, en Zuheros.

La propia Junta de Andalucía describe en su catálogo de árboles y arboledas singulares de la provincia que la encina de Rute es notable «tanto por sus dimensiones como por su forma y edad, que se estima en unos 400-450 años». Destaca sobre todo por su proyección de copa, así como por su altura. La mayoría de las ramas bajas llegan casi a tocar el suelo o incluso lo rozan en algunos casos. Su fuste está ligeramente inclinado y es relativamente corto en proporción a la gran copa que sostiene, que el catálogo describe «como una enorme cúpula desde cuyo interior se aprecia la magnificencia» del ejemplar.

El árbol se localiza próximo a un camino en un olivar, sobre una pendiente moderada, en terreno arcilloso. En las inmediaciones se localiza un pequeño grupo de encinas de dimensiones más modestas y varios cortijos que, aunque en apariencia son antiguos, se encuentran aún habitados y bien conservados, por lo que añaden «un importante matiz cultural al entorno», recoge la guía de la Junta.

Un informe elaborado asegura que la encina de Llanos de Don Juan es la tercera de mayor tamaño en Andalucía y la primera en Córdoba, con 28,5 metros de circunferencia en la base y 17,5 metros de altura. La base del tronco tiene un perímetro de 6,40 metros. El estudio advierte de fracturas en la corteza que podrían ser «irreversibles», entre ellas una grieta de unos tres metros de longitud en una de su ramas principales. También se ha detectado que el árbol sufre de agallas, una enfermedad que provoca abultamientos en el reverso de las hojas por la acción de larvas, lo que causa una gran caída de la masa verde.